Face au constat de la dégradation de l’estuaire de la Seine, une cinquantaine de scientifiques s’est réunie, dès 1993, pour déterminer, à l’instigation de l’Agence de l’Eau Seine-Normandie, s’ils pouvaient travailler ensemble, de manière interdisciplinaire sur un sujet comme l’estuaire de la Seine. Finalement, la Région Haute-Normandie, l’État et l’Agence de l’Eau Seine Normandie donnent, en 1995, l’impulsion nécessaire au lancement d’un vaste programme sur l’estuaire, le programme scientifique « Seine-Aval ». Il s’inscrivait notamment dans le Contrat de Plan État-Région de la Haute-Normandie, mais également dans le Contrat de Plan Interrégional du Bassin Parisien.

Dès le départ, les objectifs prioritaires du programme sont de fournir les connaissances nécessaires à la compréhension du fonctionnement de l’écosystème estuarien et de développer des outils d’aide à la décision pour les acteurs locaux dans l’optique, d’une part, de restaurer la qualité des eaux de la Seine et de préserver les milieux naturels de la vallée, puis, d’autre part, de concilier les différents usages identifiés.

Le programme de recherche Seine Aval 1 a rassemblé, entre 1995 et 1999, une centaine de scientifiques issus de 31 équipes de recherche, menées par 25 laboratoires français ou européens. La communauté scientifique ainsi structurée, s’est impliquée dans les réflexions d’aménagement de l’estuaire de la fin des années 1990 (Port 2000…) afin d’apporter un éclairage sur les fonctionnalités environnementales importantes à maintenir. D’autre part, elle porte le message d’un système estuarien qui doit être abordé dans sa globalité géographique et fonctionnelle, ce qui suggère d’engager une réflexion sur l’ensemble des aménagements en cours ou prévus.

La poursuite du programme de recherche est alors renforcée par de nouveaux partenariats (Ministères de la Recherche et de l’Environnement, Ports Autonomes, Conseils Généraux,..). Les attentes en termes d’application et de transfert des résultats vers les acteurs opérationnels s’accroissent. Ainsi les phases 2 (2000-2003) et 3 (2004-2006) du programme Seine-Aval, identifient clairement ce qui relève de l’approche de recherche scientifique finalisée de ce qui relève des applications opérationnelles. Cette réflexion collective, associant scientifiques et partenaires techniques, conduira à la mise en place du GIP Seine-Aval en 2004.

Les résultats des phases 1, 2 et 3 du programme Seine-Aval sont capitalisés sous forme de synthèses, de rapports d’actions de recherche et de données brutes.