L’objectif du projet RE2 était d’analyser le potentiel de réduction des nitrates en cinq sites rivulaires couvrant l’ensemble de l’estuaire. Des taux de réduction de nitrate voire la denitrification et des variables environnementales associées ont été mesurées. Une réduction de nitrate potentielle a pu être mesurée dans tous les sédiments étudiés. D’importantes différences existent entre les saisons. Les taux le plus élevés ont été mesurés au  « Trou Deshayes » pour toutes les saisons. Les taux de réduction de nitrate dans le gradient Seine – Prairie dans la Grande Roselière ne montrent pas de grandes différences spatiales. Dans tous les sédiments, la réduction des nitrates est au moins partiellement liée à la dénitrification (transformation de nitrate en azote gazeux). Les potentiels de réduction de nitrate ont été reliés aux variables environnementales (carbone et azote total, carbone biodégradable). Les taux de dénitrification (production de N₂O) sont liés au %N et les concentrations en chlorophylle. Il semble donc qu’il existe une corrélation forte entre les taux de dénitrification et la présence de chlorophylle (présence d’algues). On peut supposer que les algues représentent une source de carbone (dégradable) pour la dénitrification. Des analyses microbiologiques et de biologie moléculaire ont montré la présence et diversité des bactéries dénitrifiantes dans les différents sédiments. L’analyse de la communauté dénitrifiante montre une variation entre les sites, mais aussi une variation saisonnière. Les variations ne sont pas directement liées aux taux de réduction de nitrate.