Le projet DYNAPAT visait à améliorer la compréhension de la relation entre la dynamique des MES (processus de floculation) et celle des communautés microbiennes dans la zone de l’embouchure de l’estuaire, en présence du bouchon vaseux. Dans ce contexte, un des objectifs du projet DYNAPAT, était d’étudier la composante microbiologique des flocs, en s’intéressant d’une part à la communauté bactérienne autochtone des flocs, et d’autre part à la composante allochtone, en se focalisant sur Escherichia coli, espèce bactérienne indicatrice de la contamination fécale, aux espèces pathogènes (Vibrio et Aeromonas), étendue à la problématique de l’antibiorésistance (intégron). Le projet s’est alors intéressé à: (i) caractériser la structure des composants particulaires et microbiens (dont les bactéries pathogènes) des flocs, (ii) étudier l’impact du forçage hydrodynamique permanent, sur les communautés microbiennes et les populations de bactéries pathogènes (floculation et érosion des sédiments de surface), (iii) évaluer l’occurrence de bactéries pathogènes dans la zone de l’embouchure, iv) évaluer l’occurrence des intégrons de résistance (intégrons cliniques et environnementaux) dans les sédiments.

Les résultats permettent de mieux appréhender le rôle de la dynamique estuarienne (variation du bouchon vaseux et vasières) dans le diagnostic de 3 problématiques de santé humaine :

1) l’occurrence d’espèces pathogènes de Vibrio, bactéries autochtones de l’estuaire ;

2) l’occurrence d’Aeromonas dont certaines espèces sont autochtones du milieu estuarien et d’autres impliquées dans des maladies nosocomiales;

3) l’antibiorésistance bactérienne en focalisant sur les intégrons cliniques, supports génétiques impliqués dans la multi-résistance aux antibiotiques (bio indicateurs du risque de dissémination de l’antibiorésistance dans l’environnement).