L’objectif central du projet ICHTYO est de constituer une première approche de la fonctionnalité des habitats de l’estuaire de la Seine vis-à-vis de l’ichtyofaune et des processus susceptibles de faire varier ou de limiter ces fonctionnalités.

La répartition spatiale des assemblages d’espèces, étudiée sur les types d’habitats les plus typiques des estuaires macrotidaux, montre le lien étroit qui existe entre les habitats rivulaires – y compris les zones intertidales – et le chenal principal. Quatre grands ensembles sont identifiés depuis la mer jusqu’à la limite de marée dynamique (Barrage de Poses).

En comparaison avec la Loire, la structure longitudinale des assemblages d’espèces met en relief les conséquences du corsetage du fleuve Seine par les endiguements. Ce processus aboutit successivement i), à une migration vers la mer des noyaux d’abondances de poissons, la fonctionnalité de nourricerie se réduisant à une bande étroite à relier au processus de colmatage actuel de l’embouchure par les bancs sableux ii), à un appauvrissement de l’ichtyofaune benthique dans le secteur mésohalin, pourtant très propice aux poissons plats quand les habitats favorables sont encore présents en qualité et en quantité (i.e. vasières subtidales jouxtant les vasières intertidales) iii), à une contribution anormalement réduite des poissons d’eau douce à la jonction entre la zone salée et les eaux douces tidales, à mettre en relation avec le caractère dégradé des habitats de refuge latéraux, notamment pour les stades juvéniles.

L’analyse temporelle basée sur six campagnes par an entre 2000 et 2008 montre que l’estuaire de la Seine fait néanmoins l’objet d’une évidente réactivité de l’ichtyofaune aux variations annuelles des conditions hydrologiques. Les apports en eau douce ont un effet significatif sur la richesse spécifique et l’abondance. Cette dernière tend à augmenter lors des années de crue hivernale (2000-2002), surtout pour les guildes fonctionnelles des poissons marins les plus dépendants des estuaires et pour les poissons amphihalins. A l’inverse, les faibles débits (années « sèches » telle que 2004) se traduisent par une moindre abondance totale de poissons et de chacune des guildes d’usage, y compris pour les guildes trophiques des espèces hyperbenthivores et planctonophages.