Le projet BIODISEINE a permis la réalisation compléter les connaissances sur la diversité planctonique. Deux stratégies d’échantillonnage ont été mises en place en point fixe et selon des radiales. Il y a une grande fluctuation saisonnière des paramètres hydrologiques mais également interannuelle qui se traduit par une variabilité spatio-temporelle significative des principales populations des copépodes Eurytemora – Acartia et Temora.. L’analyse du compartiment phytoplanctonique a confirmé la dominance des formes marines dans la zone de l’Embouchure de la Seine surtout l’été. Une première caractérisation des habitats des principaux copépodes Eurytemora affinis, Acartia spp et Temora longicornis en fonction du gradient de salinité a été réalisée. Cette analyse a montré que ces trois espèces occupent des habitats distincts en fonction du gradient de salinité. En plus de la salinité, la température joue un rôle important dans leur dynamique saisonnière. Ceci confirme que tous les futurs changements climatiques vont affecter les habitats et nécessairement les populations de copépodes et par conséquent le reste du réseau trophique estuarien. Il est fort probable que l’importance des espèces marines (telle que Temora longicornis) va s’accentuer avec l’intrusion saline dans l’estuaire. De même, l’augmentation de la température devrait favoriser le complexe d’espèces Acartia spp plus thermophiles. L’analyse de la biodiversité planctonique a été réalisée dans les trois zones de l’estuaire oligo-, meso- et poly-halines. Dans la partie d’eau douce, le zooplancton est fortement dominé par les formes de petites tailles et essentiellement les nauplii de copépodes et les rotifères. Il semble que la richesse spécifique mais également la production du zooplancton dans la zone d’eau douce soient faibles en comparaison au moins avec l’Escaut